საქართველოს ინოვაციების და ტექნოლოგიების სააგენტოს მისიაა საქართველოში ინოვაციების და ტექნოლოგიების განვითარებისთვის საჭირო ეკოსისტემის ფორმირება, ცოდნისა და ინოვაციის კომერციალიზაციის ხელშეწყობა, ინოვაციებისა და ტექნოლოგიების გამოყენების სტიმულირება ეკონომიკის ყველა დარგში, ინოვაციების და მაღალტექნოლოგიური პროდუქტების ექსპორტის ზრდისთვის საჭირო გარემოს შექმნა და ქვეყნის მასშტაბით მაღალსიჩქარიანი ინტერნეტის განვითარება

აღნიშნული მიზნების მისაღწევად სააგენტო გეგმავს მოახდინოს საკუთარი ინფრასტრუქტურული მასშტაბირება ინოვაციების და ტექნოლოგიების განსავითარებლად, უზრუნველყოს მძლავრი ინოვაციების კომერციალიზაციის მექანიზმების ფორმირება ქვეყნის ინოვაციების და ტექნოლოგიების განვითარების პრიორიტეტების მიხედვით; ხელი შეუწყოს სარისკო კაპიტალის წილის, ასევე კერძო კომპანიების თანამონაწილეობის ზრდას გამოყენებით კვლევებში და ინოვაციების კომერციალიზაციის პროცესში, ჩამოაყალიბოს კონკურენტუნარიანობის ამაღლებისთვის საჭირო ეფექტური მექანიზმები მათ შორის დისტანციური სწავლების ინსტრუმენტების აქტიური გამდიდრების გზით.